Ničenie biotopov
Vážnym ohrozením pre tú časť populácie, ktorá buduje hniezda v lesoch, je výrub starých porastov vhodných pre hniezdenie. Nízky rubný vek lesných porastov a ťažby dreva v hniezdnom období sú vážnym ohrozením pre hniezdenie tohto druhu.
Neobhospodarovaná pôda v horských oblastiach a pasienky vytvárajú veľmi dobré podmienky pre získavanie potravy orlov skalných. Bohužiaľ, veľa z týchto oblastí je v súčasnosti zalesnených alebo prirodzene zarastá. Zarastanie otvorených plôch spôsobuje, že prestávajú mať funkciu lovísk, pretože sa korisť stáva nedostupná.
Prenasledovanie orla skalného človekom
Na konci minulého storočia, ale aj v súčasnosti, bolo zistených veľa prípadov vyberania vajec alebo mláďat, strieľanie, chytanie do želiez, likvidácia otrávenými návnadami, používanie pesticídov a pod.
Vykrádanie hniezd
Vykrádanie hniezd patrilo hlavne od 70. rokov minulého, až začiatku nášho storočia k závažným faktorom ohrozujúcim našu populáciu orlov. Na Slovensku bolo zadržaných viacero vykrádačov aj zo zahraničia, medzi ktorými boli aj známi sokoliari.
Pytliactvo
Na konci minulého storočia a na začiatku tohto storočia bolo zaregistrovaných veľa prípadov vyberania vajec alebo mláďat z hniezd a strieľanie mladých i dospelých vtákov. Tak napríklad smutne slávny terchovský lesník Fuchs na začiatku minulého storočia, počas svojho 31-ročného účinkovania vo Vrátnej doline, ulovil 28 starých orlov skalných čiastočne priamo na hniezde, vo väčšej miere v železách.
Vyrušovanie na loviskách a hniezdiskách
Budovanie lesných ciest, chatových oblastí, stredísk cestovného ruchu v horských dolinách, rozvoj turistiky a spolu s tým súvisiace prenikanie človeka do posledných zachovalých častí prírody je pre orla dôvodom na opustenie takýchto lokalít. Veľmi vážnym ohrozením sú lesné práce v blízkosti hniezd, ktoré sú častou príčinou neúspešného hniezdenia. Čoraz vážnejším faktorom ohrozovania orlov počas hniezdenia je ich bezohľadné filmovanie a fotografovanie.
Otrávené návnady
Medzi nelegálne aktivity patrí aj vykladanie otrávených návnad na likvidáciu takzvanej škodnej zveri. Na takéto návnady prilietajú aj orly skalné, hlavne v období s nedostatkom potravy ich s obľubou konzumujú. Po skonzumovaní takejto návnady často hynú priamo na mieste. K otravám tiež dochádza po skonzumovaní hlodavcov otrávených pri ich nelegálnej likvidácii poľnohospodármi.
Chemizácia
Ohrozením pre populáciu orla skalného je zamorenie prostredia chemickými prostriedkami na ochranu rastlín, vyrobenými na báze toxických organických zlúčenín a ťažkých kovov.
Je známy negatívny vplyv dokonca neveľkého množstva insekticídov na orly skalné.
V súčasnosti má prítomnosť chemických zlúčenín na lokalitách s výskytom orlov skalných skôr lokálny charakter.
Legislatívna ochrana orla skalného na Slovensku
Orol skalný je na Slovensku chránený Zákonom NR SR č. 543/2002 Z.z. o ochrane prírody a krajiny v znení neskorších predpisov a vyhláškou MŽP SR č. 24/2003, ktorou sa vykonáva zákon č. 543/2002 Z.z. o ochrane prírody a krajiny v znení neskorších predpisov. Táto stanovuje spoločenskú hodnotu orla skalného na 3319,39 EUR a suma sa môže zvýšiť až o 300 %.
Taktiež je chránený viacerými medzinárodnými dohovormi, ako je CITES, Bernský a Bonský medzinárodný dohovor.